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Title: Caracterización molecular de calicivirus aislados de brotes de gastroenteritis ocurridos en la Argentina durante los años 2005 y 2006
Other Titles: Molecular characterization of calicivirus strains detected in outbreaks of gastroenteritis occurring in Argentina during 2005 and 2006
Authors: Gomes, K. A. 
Stupka, J. A. 
Diana, A. 
Parra, Gabriel I. 
Keywords: Norovirus;Gastroenteritis;Rotavirus;Mamastrovirus
Issue Date: 2008
Description: Con el objetivo de determinar la incidencia de calicivirus, rotavirus y astrovirus en brotes de gastroenteritis ocurridos en diversas regiones de la Argentina durante los años 2005 y 2006, se analizaron muestras de materia fecal provenientes de 7 brotes con resultado de coprocultivo negativo. Para el diagnóstico de rotavirus se utilizó un ELISA comercial, mientras que para el diagnóstico de calicivirus y astrovirus se utilizó el método de RT-PCR. De las 74 muestras analizadas, 20 fueron positivas para calicivirus, 17 para rotavirus y una para astrovirus. No se identificaron infecciones virales mixtas. En 5 muestras positivas para calicivirus se secuenció una región del gen de la polimerasa; 4 de ellas correspondieron al género Norovirus y una al género Sapovirus. El análisis filogenético de las muestras secuenciadas determinó la presencia de norovirus de los genogrupos GI y GII; dentro de este último, se identificaron los genotipos GII-4, GII-b y GII-17. El análisis de la muestra en la cual se identificó sapovirus reveló la presencia del genotipo GI-1. Este estudio representa una continuación del análisis epidemiológico molecular de calicivirus asociados a brotes de gastroenteritis iniciado en 2004 y constituye la primera comunicación de la circulación de norovirus del genotipo GII-17 en la Argentina.
In order to determine the incidence of calicivirus, rotavirus and astrovirus in outbreaks of gastroenteritis occurring in different regions of Argentina during 2005 and 2006, fecal samples from seven nonbacterial outbreaks were analyzed. A commercial ELISA was used for rotavirus detection, while RT-PCRs were used for calicivirus and astrovirus. Of the 74 samples analyzed, 20 were calicivirus positive, 17 were rotavirus positive and one was astrovirus positive. No mixed infections were detected. A partial region of the RdRp gene was sequenced in five calicivirus positive-samples; 4 of them belonged to Norovirus genus and one to Sapovirus genus. The phylogenetic analysis of norovirus-positive-samples revealed the presence of strains from genogroups GI and GII; genotypes GII- 4, GII-b and GII-17 were identified within the latter. Phylogenetic the sapovirus-positive-sample revealed the presence of genotype GI-1. This study represents a follow-up of the of molecular epidemiology analysis of calicivirus associated to gastroenteritis outbreaks that have been carried out by our group since 2004, and constitutes the first report of the circulation of genotype GII-17 in Argentina.
Fil: Gomes, K. A. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Virología. Laboratorio de Gastroenteritis Virales; Argentina.
Fil: Stupka, J. A. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Virología. Laboratorio de Gastroenteritis Virales; Argentina.
Fil: Diana, A. Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Área de Epidemiología de la Región Sanitaria II; Argentina.
Fil: Parra, G. I. The Cleveland Clinic Foundation. Lerner Research Institute; Estados Unidos.
URI: http://www.scielo.org.ar/pdf/ram/v40n4/v40n4a08.pdf
http://sgc.anlis.gob.ar/handle/123456789/70
ISSN: 0325-7541
Rights: info:eu-repo/semantics/openAccess
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