Shigella flexneri: subtipos genéticos circulantes en Argentina y caracterización molecular de aislamientos “Atípicos”

Abstract

Shigella flexneri (S. flexneri) es el principal serogrupo del género causal de diarreas en el mundo y Argentina, se reconocen 13 serotipos según el esquema de serotipificación cuya última revisión realizó Brenner en 1984. Desde entonces, se reportaron en el mundo nuevos serotipos, llegando a 20, según algunos autores . Si bien la serología es la técnica tradicional de serotipificación, se han desarrollado técnicas para la serotipificación molecular, como por ejemplo las basadas en PCR múltiple. En Argentina, se encuentra constituida la Red de Diarreas y Enteropatógenos de Transmisión Alimentaria, cuyo Laboratorio de Referencia Nacional (LNR) para Shigella spp. (Servicio Enterobacterias, INEI-ANLIS “Carlos G. Malbrán”) recibe aislamientos de casos esporádicos y asociados a brote de S. flexneri en el marco de la vigilancia. Además, desde el 2004, el LNR coordina la Red PulseNet (PN) América Latina y Caribe de epidemiología molecular para la vigilancia de infecciones bacterianas transmitidas por alimentos, que utiliza protocolos estandarizados de Electroforesis en Campo Pulsado (PFGE) para la subtipificación de bacterias, contando desde 2009 con un protocolo especifico para S. flexneri. Por otra parte, ese mismo año, se comenzó el estudio de un grupo de aislamientos no tipificables emergentes en el país, denominados “Atípicos”, que ya en 2011 tenían una prevalencia similar a la del serotipo 2, mayoritario hasta el momento. En la Parte 1 de este trabajo, se estudió la diversidad genética y distribución témporo-espacial de 840 aislamientos incorporados en la Base de Datos Nacional de perfiles genéticos S. flexneri, incluyendo 7 serotipos y “Atípicos”, recuperados en casos esporádicos y de brote entre 2004-2014. La diversidad fue de 404 subtipos genéticos, en ocasiones persistentes en tiempo y lugar. Dentro de cada serotipo, se encontró mayor relación genética entre si que con otros, y a su vez la diversidad encontrada permitió discriminar subtipos para su aplicación en epidemiología molecular. Además, se pudieron estudiar y confirmar la ocurrencia de 16 brotes. En la Parte 2, se profundizó la caracterización de aislamientos de S. flexneri “Atípicos” mediante PFGE, Mapeo de Genoma Completo y serotipificación molecular por PCR. Se estableció que los 2 aislamientos “Atípicos” estudiados pertenecían a los serotipos Xv (por X variante) y 4av (por 4a variante). Además, aplicando una PCR para serotipificación molecular, se determinó en otros 77 aislamientos “Atípicos”, la existencia no solo de los serotipos Xv y 4av, sino también del serotipo Yv (por Y variante). En conclusión, en este trabajo, se obtuvo conocimiento de la diversidad genética de cepas circulantes causales de casos esporádicos y asociados a brotes de diarrea en el país. Constituyéndose una Base de Datos Nacional de subtipos genéticos de S. flexneri que servirá de base para la vigilancia y estudios de brotes por epidemiología molecular. Además, se caracterizó a un grupo de aislamientos “Atípicos” detectados desde 2009, identificándose 3 serotipos nunca antes descriptos en el país, proponiéndose la nomenclatura Xv, Yv y 4av, utilizada en la bibliografía actual, hasta tanto se llegue a un consenso mundial. Por último, se implementó como alternativa a la serología, una herramienta complementaria, versátil, rápida y accesible, para la identificación de todos los serotipos y subserotipos conocidos hasta el momento de S. flexneri.