Análisis del genoma completo de las cepas emergentes de rotavirus G9P[4] y G8P[8] en Argentina: nueva introducción vs. reordenante de cepas locales

Abstract

[RESUMEN]: Rotavirus A (RVA) presenta asociaciones G-/P- comunes e inusuales. El reordenamiento entre cepas durante una coinfección constituye uno de sus mecanismos más importantes en la generación de diversidad genética. Durante el período 2017-2018, se detectaron dos asociaciones inusuales (G9P[4] y G8P[8]) por primera vez en Argentina. Se desconoce si representan nuevas introducciones o si son producto de un reordenamiento entre asociaciones comunes locales. Objetivo: Analizar las relaciones filogenéticas y evolutivas de G9P[4] y G8P[8] con respecto a las asociaciones comunes circulantes del mismo período. Materiales y métodos: Se incluyeron cepas de RVA representativas de asociaciones comunes (n=11) e inusuales (n=2), detectadas durante el período 2016-2018, en el marco de la vigilancia epidemiológica nacional. Partiendo de materia fecal, se realizó la extracción de ácidos nucleicos y se amplificaron y secuenciaron los 11 segmentos genómicos. Se determinaron las constelaciones genéticas, se construyeron árboles filogenéticos y se elaboraron matrices de distancia en los niveles nucleotídico y aminoacídico. Resultados: Las constelaciones obtenidas fueron G9P[4]-I2-R2-C2-M2-A2- N2-T2-E6-H2 y G8P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2. La G8P[8] se relacionó en 10 segmentos con una G3P[8] que circuló en 2016. G9P[4] se relacionó en 6 genes con una G2P[4] que circuló en 2016, en 2 genes, con una G3P[8] del 2016 y en un gen, con una_ G2P[4] del 2017. Sin embargo, no se observaron fenómenos de reordenamiento en ninguno de los 11 segmentos. Conclusiones: Las cepas emergentes G9P[4] y G8P[8], detectadas en Argentina, son producto de una introducción en nuestro país.