CNRL http://sgc.anlis.gob.ar/handle/123456789/10 2026-04-21T11:00:17Z 2026-04-21T11:00:17Z Rocca, María Florencia http://sgc.anlis.gob.ar/handle/123456789/2479 2022-11-30T16:11:59Z 2019-01-01T00:00:00Z

Title: Espectrometría de Masas MALDI-TOF MS como herramienta para el diagnóstico de enfermedades infecciosas. Evaluación del potencial de MALDI-TOF MS acoplado al entrenamiento automatizado a través de un modelo predictivo que contribuya al diagnóstico de SARS-CoV-2. Authors: Rocca, María Florencia Abstract: La Espectrometría de Masas (EM) a través de la técnica MALDI-TOF MS, se ha utilizado desde hace varios años, para la detección de bacterias y hongos de relevancia clínica, además de sus diversas aplicaciones en proteómica, metabolómica, lipidómica, toxicología, endocrinología, genética y microbiología para caracterizar biomarcadores tales como proteínas, péptidos, lípidos, hormonas, metabolitos y nucleótidos. Aunque más recientemente, su uso se ha incrementado en el campo de la medicina y el diagnóstico clínico, siendo un enfoque que al día de hoy hace falta explorar. Por otra parte, desde el mes de marzo del año 2020, el mundo se ha visto detenido por una nueva enfermedad, conocida como COVID-19, causada por el virus del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2). La detección temprana, sensible y específica del virus del SARS-CoV-2 es ampliamente reconocida como el punto crítico para responder al brote que preocupa al sistema de salud. Actualmente, el diagnóstico se basa fundamentalmente en técnicas moleculares de RT-PCR en tiempo real, aunque su implementación en los laboratorios, se ve amenazada por los altos costos y la extraordinaria demanda de insumos a nivel mundial. Es por eso, que el desarrollo de pruebas alternativas y / o técnicas complementarias se ha vuelto tan relevante. En este proyecto, se explota el potencial de la tecnología de EM en combinación con algoritmos de aprendizaje automático, para la detección de perfiles proteicos característicos obtenidos a partir de muestras de hisopados nasofaríngeos de pacientes positivos y pacientes negativos de COVID-19. El procedimiento se propone de esta forma para simplificar la toma de muestra y el procesamiento de los datos, y para establecer una correlación directa entre el desempeño de los modelos propuestos basados en inteligencia artificial, con respecto a los resultados obtenidos mediante las técnicas de referencia actuales. Según los resultados preliminares alcanzados a partir de este desarrollo (precisión = 67,66%, sensibilidad = 61,76%, especificidad = 71,72%, VPP =60,00%, VPN =73,20%), los métodos basados en espectrometría de masas junto con el análisis multivariado, demostraron que la proteómica es una herramienta interesante que merece ser explorada como un enfoque diagnóstico complementario de enfermedades infecciosas y no infecciosas, debido a su bajo costo y alto rendimiento. Sin embargo, se deben tomar en consideración pasos adicionales, como el análisis de un gran número de muestras y la implementación de técnicas de enriquecimiento y purificación, para evaluar la aplicabilidad del método desarrollado como técnica de tamizaje. Description: Fil: Rocca, María Florencia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.

2019-01-01T00:00:00Z Figueroa, Yamila http://sgc.anlis.gob.ar/handle/123456789/2478 2022-11-30T15:56:56Z 2021-08-01T00:00:00Z

Title: Estudio epidemiológico y serotipificación por PCR múltiple de Listeria monocytogenes aislada de matrices alimentarias en Argentina Authors: Figueroa, Yamila Abstract: L. monocytogenes es un patógeno oportunista de transmisión alimentaria. Presenta la particularidad de resistir a diversas condiciones de estrés pudiéndose adaptar mediante la producción de biofilms. Esta característica representa un grave problema para la industria alimentaria. Se clasifica en 13 serotipos, aunque sólo cuatro (1/2a, 1/2b, 1/2c y 4b) representan la causa del 89,0 al 98,0% de los casos de listeriosis en todo el mundo. Esto sugiere que determinadas cepas de L. monocytogenes tienen más probabilidades de causar enfermedad que otras. El objetivo del presente estudio fue detectar y serotipificar Listeria monocytogenes provenientes de distintas matrices de alimentos y monitoreos ambientales de plantas de procesamiento en Argentina. Dichas matrices constan de cárnicos, alimentos listos para consumo, bebidas hídricas, alimentos lácteos y vegetales congelados. Se analizaron 2124 muestras en el periodo 2016-2021, a partir de las cuales se detectaron 291 aislamientos compatibles con L. monocytogenes arrojando un porcentaje de positividad para este patógeno del 13,7%. Posteriormente se seleccionaron 180 cepas para análisis molecular de serogrupos mediante la puesta a punto de una técnica molecular. Si bien los serotipos 1/2a, 1/2b, 1/2c y 4b son los más frecuentemente detectados en productos alimenticios, en este estudio se observó que el serogrupo IIa (n=9) representa el 5,0%, IIb (n=116) representa el 68,9%, IIc (n=37) representa el 20,5% y IVb (n=10) representa el 5,6%. De las 180 cepas analizadas, 161 pertenecen a matrices alimentarias propiamente dicho y 19 pertenecen a cepas aisladas de monitoreos ambientales realizados en los establecimientos donde se manufacturan los alimentos. Además se realizó la identificación a nivel de género y especie empleando MALDI-TOF MS y se observó que partiendo de medios de cultivo selectivos y diferenciales, se obtienen buenos resultados para tales fines. Este trabajo resalta la importancia de la detección y serotipificación de L. monocytogenes para la toma de medidas accionables e identificación de brotes así como también es el primero en Argentina en describir un extenso estudio en matrices alimentarias. Description: Fil: Figueroa, Yamila. División Higiene y Seguridad Alimentaria y Ambiental, Stamboulian Servicios de Salud, Buenos Aires; Argentina.

2021-08-01T00:00:00Z Ibarra Camou, Belén http://sgc.anlis.gob.ar/handle/123456789/2428 2022-05-05T18:02:26Z 2016-01-01T00:00:00Z

Title: Vigilancia de cepas de Histoplasma capsulatum circulantes en Argentina Authors: Ibarra Camou, Belén Abstract: Histoplasma capsulatum es un hongo termodimórfico, agente causal de la histoplasmosis, una micosis de distribución mundial con importantes zonas endémicas en el continente Americano. Los distintos genotipos y variedades de H. capsulatum muestran diferente distribución geográfica y manifestaciones clínicas. En los últimos años se han utilizado técnicas moleculares para genotipificar H. capsulatum como: RFLP, RAPD-PCR, amplificación de la región ITS y secuencias parciales de genes específicos. Estudios de tipificación basados en el análisis de múltiples secuencias (MLST) de los genes Arf, H-anti, Ole y Tub confirman que H. capsulatum es un complejo de al menos 8 clados o especies filogenéticas: Australia, Países Bajos, Eurasia, Nam1, Nam2, LAmA, LAmB y África. Un reciente estudio, propone 6 nuevas especies filogenéticas en el complejo, que comprenden LAmA1, LAmA2, LAmB1, LAmB2, RJ y BAC-1. Hasta el momento, los estudios indican que la mayoría de las cepas circulantes en Argentina son LAmB. El objetivo de este trabajo es aportar al conocimiento de la epidemiología de la histoplasmosis en la República Argentina a través de la vigilancia de genotipos de H. capsulatum circulantes, utilizando métodos moleculares. Se analizaron 46 cepas depositadas en la colección de cultivo del Departamento Micologia (DMic), provenientes de diferentes regiones geográficas de Argentina, y dos cepas de referencia: Downs y G186B. Se utilizaron para el análisis dos técnicas moleculares, RAPD-PCR con primer 1281-1283 y MLST (Arf, H-anti, Ole y Tub). Los perfiles originados por RAPD-PCR se analizaron con el programa BioNumerics. Las secuencias consenso obtenidas de la amplificación en ambas hebras de cada gen se alinearon y analizaron; luego se realizó un análisis de MLST de los cuatro genes. Se construyeron los árboles filogenéticos con el método de máxima verosimilitud, utilizando el modelo de sustitución nucleotídica de Jukes-Cantor en el programa MEGA v6.0. Se incluyeron en el análisis secuencias de referencia de las diferentes especies filogenéticas depositadas en el GenBank. Se analizaron fenotipicamente 31/46 cepas; las 15 cepas restantes ingresaron a la colección antes de 2006 (año que comenzó esta investigación) y no tenían todos los datos de fenotipificación al momento de su ingreso. Veintinueve de 31 aislados presentaron macro y micromorfología compatible con H. capsulatum, solo dos presentaron micelio estéril. Sin embargo, todas mostraron termoconversión a levaduras a 37°C y producción de exoantígeno en medio líquido. De las 46 cepas analizadas, 33 (71 %) mostraron un perfil de RAPD-PCR homogéneo al que denominamos Argentino (AR), las 13 (29 %) restantes mostraron diferentes perfiles a los que denominamos no Argentinos (NAR). El árbol filogenético originado de MLST identificó 35 cepas como clado LAmB (76 %), 3 como clado NAm1 (6 %) (una de estas aislada del caso índice de un brote ocurrido en la Patagonia Argentina) y 1 (3 %) relacionada al clado recientemente propuesto LAmA2. Las 7 cepas restantes (15 %), agruparon separadas del clado LAmB, más relacionadas a los clados LAmA y RJ; estas cepas fueron aisladas de pacientes con manifestaciones en sistema nervioso central (SNC) que habitaron en una zona geográfica particular y la mayoría sin causa de inmunocompromiso. Este clado propuesto como nuevo en Sudamérica es soportado con un bootstrap de 98 %. El RAPD-PCR pudo identificar presuntivamente 32/35 (91 %) cepas LAmB (perfil AR), las restantes 3 cepas LAmB mostraron un perfil NAR. La principal especie filogenética que circula en Argentina es LAmB, además se detectaron en menor proporción cepas NAm1, LAmA2 y un grupo de cepas con características patogénicas especiales como tropismo por SNC y asociado a pacientes sin causa aparente de inmunocompromiso que habitan un área geográfica específica. Para este nuevo clado proponemos el nombre de TUKMA. Nuestros resultados indican que el RAPD-PCR puede complementar al MLST y puede ser utilizado para identificar cepas del clado LAmB con muy buena sensibilidad. No obstante, el MLST es la técnica de referencia utilizada actualmente para conocer las especies filogenéticas de H. capsulatum. Description: Fil: Ibarra Camou, Belén. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud “Dr. Carlos G. Malbrán” (ANLIS). Instituto Nacional de Epidemiología (INE). Departamento de Vigilancia y Clínica Epidemiológica; Argentina

2016-01-01T00:00:00Z Cecchi, Silvana http://sgc.anlis.gob.ar/handle/123456789/2415 2021-11-30T15:16:20Z 2019-01-01T00:00:00Z

Title: Diagnóstico etiológico de las gastroenteritis bacterianas: Una mirada crítica utilizando herramientas moleculares Authors: Cecchi, Silvana Abstract: Las gastroenteritis constituyen una de las causas más importantes de morbilidad y mortalidad fundamentalmente en los países en desarrollo, son la tercera causa de muerte por enfermedad infecciosa en el mundo. El presente trabajo muestra una baja sensibilidad del coprocultivo para todos los patógenos estudiados. En general del cultivo de materia fecal tuvo una sensibilidad del 26,2 %. Mientras que el porcentaje de positividad fue de 15 y 58 para el cultivo y la PCR respectivamente. Se confirma que debe mejorarse el cultivo de Salmonella spp y Shigella spp. La sensibilidad del cultivo para Campylobacter spp. resultó ser muy baja y no debería usarse en esas condiciones para diagnóstico clínico. Probablemente este mal desempeño esté relacionado a la atmósfera de incubación. El método casero de extracción de DNA demostró tener un rendimiento aceptable, si bien es necesario probarlo con más número de muestras positivas de Clostridium spp., Podría ser utilizado en el laboratorio clínico para diagnóstico microbiológico. Description: Fil: Cecchi, Silvana. Hospital Área Programa “Dr. Francisco López Lima". Río Negro; Argentina; Fil: Pianciola, Luis. Hospital Área Programa “Dr. Francisco López Lima". Río Negro; Argentina

2019-01-01T00:00:00Z