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- Departamento de Bacteriología 216
- Departamento de Capacitación 10
- Departamento de Clínica, Patología y Tratamiento 8
- Departamento de Diagnóstico y Referencia 28
- Departamento de Enseñanza Especializada 2
- Departamento de Investigación Epidemiológica 24
- Departamento de Micología 68
- Departamento de Parasitología 70
- Departamento de Programas de Salud 8
- Departamento de Vigilancia y Clínica Epidemiológica 25
- Departamento de Virología 98
- Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (INEI) 485
- Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER) 54
- Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas (INEVH) 22
- Instituto Nacional de Epidemiología (INE) 75
- Instituto Nacional de Medicina Tropical (INMeT) 101
- Instituto Nacional de Parasitología (INP) 95
- Instituto Nacional de Producción de Biológicos (INPB) 58
- Maestría en Microbiología Molecular UNSM-ANLIS 166
- Programa Nacional de Vigilancia de Infecciones Hospitalarias de Argentina (VIHDA) 13