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- Departamento de Bacteriología 221
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- Departamento de Clínica, Patología y Tratamiento 8
- Departamento de Diagnóstico (INP) 1
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- Departamento de Enseñanza Especializada 2
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- Departamento de Investigación Epidemiológica 24
- Departamento de Investigación Epidemiológica 1
- Departamento de Investigación Epidemiológica (INE) 11
- Departamento de Micología 68
- Departamento de Parasitología 70
- Departamento de Programas de Salud 8
- Departamento de Vigilancia y Clínica Epidemiológica 29
- Departamento de Virología 99
- Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (INEI) 489
- Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER) 54
- Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas (INEVH) 22
- Instituto Nacional de Epidemiología (INE) 89
- Instituto Nacional de Medicina Tropical (INMeT) 106