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- Departamento de Capacitación 10
- Departamento de Clínica, Patología y Tratamiento 8
- Departamento de Diagnóstico (INP) 1
- Departamento de Diagnóstico y Referencia 28
- Departamento de Enseñanza Especializada 4
- Departamento de Investigación (INP) 1
- Departamento de Investigación Epidemiológica 24
- Departamento de Investigación Epidemiológica 1
- Departamento de Investigación Epidemiológica (INE) 13
- Departamento de Micología 68
- Departamento de Parasitología 72
- Departamento de Programas de Salud 8
- Departamento de Vigilancia y Clínica Epidemiológica 30
- Departamento de Virología 100
- Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (INEI) 500
- Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER) 54
- Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas (INEVH) 23
- Instituto Nacional de Epidemiología (INE) 95
- Instituto Nacional de Medicina Tropical (INMeT) 106
- Instituto Nacional de Parasitología (INP) 102