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- Departamento de Investigación (INEVH) 1
- Departamento de Investigación (INP) 2
- Departamento de Investigación Epidemiológica 24
- Departamento de Investigación Epidemiológica 1
- Departamento de Investigación Epidemiológica (INE) 24
- Departamento de Micología 69
- Departamento de Parasitología 72
- Departamento de Producción (INEVH) 1
- Departamento de Programas de Salud 8
- Departamento de Vigilancia y Clínica Epidemiológica 32
- Departamento de Virología 102
- División Control y Certificación de Calidad (INEVH) 1
- Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (INEI) 525
- Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER) 56
- Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas (INEVH) 25
- Instituto Nacional de Epidemiología (INE) 109
- Instituto Nacional de Medicina Tropical (INMeT) 70
- Instituto Nacional de Parasitología (INP) 137
- Instituto Nacional de Producción de Biológicos (INPB) 78
- Laboratorio de Diagnóstico, Investigación y Referencia Epidemiológica (INE) 12