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- Departamento de Diagnóstico (INP) 3
- Departamento de Diagnóstico y Referencia 10
- Departamento de Enseñanza Especializada 1
- Departamento de Investigación (INP) 3
- Departamento de Investigación Epidemiológica 8
- Departamento de Investigación Epidemiológica 8
- Departamento de Investigación Epidemiológica (INE) 5
- Departamento de Micología 14
- Departamento de Parasitología 8
- Departamento de Programas de Salud 9
- Departamento de Vigilancia y Clínica Epidemiológica 8
- Departamento de Virología 11
- Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (INEI) 88
- Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER) 23
- Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas (INEVH) 8
- Instituto Nacional de Epidemiología (INE) 38
- Instituto Nacional de Medicina Tropical (INMeT) 22
- Instituto Nacional de Parasitología (INP) 16
- Instituto Nacional de Producción de Biológicos (INPB) 10
- Laboratorio de Diagnóstico, Investigación y Referencia Epidemiológica (INE) 5