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- Departamento de Bacteriología 33
- Departamento de Capacitación 2
- Departamento de Clínica, Patología y Tratamiento 1
- Departamento de Diagnóstico y Referencia 10
- Departamento de Enseñanza Especializada 1
- Departamento de Investigación Epidemiológica 8
- Departamento de Investigación Epidemiológica 12
- Departamento de Micología 14
- Departamento de Parasitología 8
- Departamento de Programas de Salud 9
- Departamento de Vigilancia y Clínica Epidemiológica 8
- Departamento de Virología 11
- Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (INEI) 83
- Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER) 23
- Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas (INEVH) 8
- Instituto Nacional de Epidemiología (INE) 32
- Instituto Nacional de Medicina Tropical (INMeT) 21
- Instituto Nacional de Parasitología (INP) 10
- Instituto Nacional de Producción de Biológicos (INPB) 10
- Maestría en Microbiología Molecular UNSM-ANLIS 31